Periode Nasionalisasi

Banyak pabrik gula, perkebunan karet, teh, dan kopi di Jawa yang didirikan pada masa Hindia Belanda sejak pertengahan abad-1800an. Lokasi‑lokasi ini awalnya dimiliki oleh perusahaan Belanda besar (contoh: NHM, NIS, KCM) atau firma swasta Belanda. Beberapa kebun/pabrik yang kemudian masuk ke wilayah kerja PTPN IX punya asal-usul dari masa ini.

Setelah nasionalisasi aset Belanda akhir 1950‑an, pabrik dan kebun itu menjadi milik negara dan dikelola sebagai Perusahaan Negara Perkebunan (PNP). Pada dekade‑dekade berikutnya struktur dan nama terus berubah (PTP → PT Perkebunan). Banyak unit yang kemudian dikenal sebagai PTP XV, XVI, XVIII, dll.

Periode Restrukturisasi

Pembentukan entitas pendahulu (PTP XV–XVI, PTP XVIII, dst.) Di era Orde Baru/masa reorganisasi BUMN, kebun‑kebun dikelompokkan dan menjadi PTP (PT Perkebunan) dengan nomor seri (mis. PTP XV, PTP XVI, PTP XVIII). Beberapa penggabungan internal menghasilkan PTP XV–XVI sebagai entitas yang mengelola sejumlah pabrik gula dan kebun

Periode Penggabungan (1996-2014)

PT Perkebunan Nusantara IX didirikan pada tanggal 11 Maret 1996 berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 14 tahun 1996 tanggal 14 Februari 1996, merupakan peleburan dari PT Perkebunan XV-XVI (Persero) dan PT Perkebunan XVIII (Persero). Pendirian PT Perkebunan Nusantara IX (Persero) tersebut tertuang pada Akta Notaris Harun Kamil, S.H. nomor 42 tanggal 11 Maret 1996, yang disahkan oleh Keputusan Menteri Kehakiman Nomor C2-8337.HT.01.01.TH.96 tanggal 8 Agustus 1996, diubah dengan Akta Notaris Sri Rahayu Hadi Prasetyo, S.H. No.1 tanggal 9 Agustus 2002 dan disahkan oleh Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Nomor: C-19302 HT.01.04.TH.2002 tanggal 7 Oktober 2002.

Periode Holding Perkebunan Nusantara (2014-2023)

Pada tahun 2014, pemerintah Indonesia resmi menyerahkan mayoritas saham perusahaan ini ke PTPN III, sebagai bagian dari upaya untuk membentuk holding BUMN di bidang perkebunan. Pada bulan Oktober 2022, sebagai bagian dari upaya untuk menyatukan pengelolaan pabrik gula di internal PTPN III, perusahaan ini resmi menyerahkan semua asetnya yang berupa pabrik gula ke PT Sinergi Gula Nusantara. Walaupun begitu, perusahaan ini tetap mengelola aset yang berupa kebun tebu

Periode Legal Day One PTPN I (2023-sekarang)

Pada akhir tahun 2023, perusahaan ini resmi digabung ke dalam PTPN I, sebagai bagian dari upaya untuk membentuk subholding di internal PTPN III yang bergerak di bidang pendukung bisnis perkebunan. PTPN I Regional 3 terbentuk pada  tanggal 1 Desember berdasarkan Akta No 09, yang merupakan penggabungan PTPN II, VII,VIII, IX,X, XI,XII dan XIV ke dalam entitas PTPN I  yang merupakan Sub Holding dari Holding Perkebunan.